החיבור מורכב משני חלקים. החלק הראשון נקרא מערכת סופרים ובו פירוט ביוגרפי של חכמי ישראל. החיבור סוקר בקצרה את קורות חייהם של רבנים מאז תקופת אחרוני הגאונים, דרך הראשונים ועד לאחרונים בני זמנו של החיד"א. החלק השני נקרא מערכת ספרים ובו חיבור ביבליוגרפי אודות חיבורים תורניים חשובים בתחומים תורניים שונים, המזכיר קרוב ל-2200 רבנים. עובדת היותו של החיד"א שד"ר סייעה בידו רבות בכתיבת חיבור זה שכן בנדודיו הרבים ראה כתבי יד מיוחדים שלא נדפסו עד לימיו. כתבי יד אלו כמעט ולא היו ידועים בעולם היהודי. החיד"א ראה כתבי יד אלו והזכירם בחיבורו וכך הביא לחשיפתם. גם בספריו האחרים, כגון ברכי יוסף, הוא מביא דוגמאות לכתבי יד ישנים כגון בענייני הדלקת נרות שבת בסימן רס"ג - שם הוא מצטט את רבי אברהם בר חיים, מתוך כתב-יד, ואשר רק לפני כחמישים שנה נדפס לראשונה.